Pokus kore cinchone
Posao prevoditelja napokon je postao njegova sudbina. Pri prijevodu "Traktata o materiji medica" s engleskog jezika 1790. sumnjao je u točnost učinka kore cinchone u njezinoj primjeni protiv malarija. Proveo je prvo ispitivanje droge, koje je u povijest ušlo kao ispitivanje kore cinchone.
Hahnemann je uočio patološki stanje u sebi u ponovljenim testovima koji su se činili slični izmjeničnim groznica (malarija). Sljedećih godina Hahnemann je testirao druge lijekove i došao do istih opažanja kao u eksperimentu s korom cinchone. Tijekom godina razvio je takozvano "pravilo sličnosti" kao načelo za točan odabir odgovarajućeg lijeka.
Hahnemann ju je prvi put objavio u "Hufeland Journal" 1796. godine, pa se ova godina smatra godinom rođenja homeopatija. Tijekom godina Hahnemann je zapisao svoja otkrića i 1810. godine objavljen je "Organon der rationellen Heilkunde". Riječ je o reformskom radu genijalnog usamljenika s ciljem pronalaska boljih načina liječenja i liječenja bolesnih ljudi.
Organon je temelj homeopatija, čija se temeljna rečenica prvi put ovdje pojavljuje u cijelosti: Simila similibus curentur = Slične stvari mogu se izliječiti sličnim stvarima. Uvjet homeopatija ovdje se također pojavljuje prvi put. Hahnemann je također dao upute koje vrijede i danas o dezinfekciji zaraznih bolesti, kućnoj čistoći, prehrani, brizi o djeci i obrazovanju.
Izrazio je iznenađujuće stavove o uzroku kolera. Pripisao ga je, puno prije bakteriološke ere, "najmanjim živim bićima" koja su se prenosila s čovjeka na čovjeka. Kao ljekarnik i kemičar napisao je i "Apotheker-Lexikon".
Desetljećima je to bio vrlo tražen i često korišten referentni rad. Hahnemann je umro 1843. u dobi od 88 godina u Parizu, radeći kao liječnik do svoje smrti.
