Sljedeći simptomi i pritužbe mogu ukazivati na japanski encefalitis:
- blag gripapoput bolesti - u većini slučajeva.
Meningoencefalitis* (incidencija: 1 na 250 infekcija).
- Otprilike svaki 250. slučaj infekcije.
- visok groznica, obično 10 dana.
- Opći osjećaj bolesti
- Cefalgija (glavobolja)
- Mučnina (mučnina) / povraćanje
- Poremećaj svijesti
- Napadaji
- Refleksni poremećaji
- Zbunjenost
- Promjene u ponašanju
- Drhtanje (trese se)
- Pareza (motorička paraliza)
- Poremećaji hoda
- Koma
* Kombinirano upala mozga (encefalitis) I moždanih ovojnica (meningitis) Letalnost (smrtnost u odnosu na ukupan broj ljudi koji pate od bolesti) u zahvaćenosti CNS-a iznosi 30-35%. Djeca i starije osobe češće obolijevaju od bolesti.