Kondroitin sulfat (CS) je klasificiran kao član glikozaminoglikana (GAG), poznatih i kao mukopolisaharidi, koji su bočni lanci ugljikohidrata koji su bitne komponente proteoglikana. Svi glikozaminoglikani sastoje se od 1,4-glikozidno povezanih disaharidnih jedinica. U slučaju hondroitina, sumporne kiseline je redovito vezan za kisik or dušik atoma, tako da oni obično reagiraju jako kiselo. Hondroitin sulfati A i C sastoje se od glukuronske kiseline i N-acetil-D-galaktozamina. Kondroitin sulfat B ima sličnu strukturu. Poznat je kao dermatan sulfat ili beta-heparin iz L-iduronske kiseline i NAG-4-sulfata.
Na jednoj ruci, kondroitin sulfat ulazi u tijelo hranom. Nalazi se u mesnim i morskim životinjama, posebno u školjkama i kamenicama. S druge strane, glikozaminoglikan može nastati u samom tijelu. Endogena sinteza zahtijeva glukozamin sulfat, preferirani supstrat za biosintezu glikozaminoglikana. Hondroitin sulfati, kao životinjski proteoglikani, uglavnom su ugrađeni u hrskavica tkiva i tako predstavljaju glavne međustanične komponente vezivno tkivo, hrskavica i kosti. Međutim, mogu se naći i u koža i tjelesne sluzi.
Tehnički se nekada hondroitin sulfati dobivali od morskog psa hrskavica, a kasnije i iz goveđih i svinjskih traheida.
