Izoflavonoidi imaju molekularnu strukturu sličnu steroidnom estrogenu (ženski spolni hormon) i zato ih se također naziva fitoestrogeni. Međutim, njihova je hormonska aktivnost niža za faktor od 100 do 1,000 u usporedbi s estrogenom koji nastaje u organizmu sisavaca. Zbog kemijsko-strukturne sličnosti sa ženskim spolom hormoni, izoflavoni progutan hranom može se vezati za takozvani receptor estrogena tipa 2 i blokirati ga za endogeni estrogen. Prema tome, izoflavoni u žena u postmenopauzi s niskom razinom endogenih estrogena pokazuje više estrogeni učinak, dok izoflavoni u žena u premenopauzi imaju antiestrogeni učinak blokirajući receptore estrogena.
