Teški nedostatak vitamina B6 je rijedak.
Studije su pokazale da je tiamin neophodan za pravilan metabolizam i funkciju vitamina B6. Stoga su alkoholičari kojima također nedostaje tiamina zbog niskog unosa prehrane u najvećem riziku da pate i od posljedica nedostatka vitamina B6.
Neke studije dokumentirale su abnormalne elektroencefalograme (EEG) u nedostatku vitamina B6. Ostali neurološki simptomi koji se javljaju s ozbiljnim nedostatkom su razdražljivost, depresija, i zbunjenost. Ostali simptomi uključuju glositis (upala jezik), čireve ili čireve na usta, i ragade (pukotine i čirevi) na uglovima usta.
