S majčino mlijeko, patogeni se mogu prenijeti i kod djece uzrokovati odgovarajuću bolest, s različitim manifestacijama tijeka bolesti. Jedan od najvažnijih patogena u ovom kontekstu je čovjek imunodeficijencije virusa (HIV).
HI virusi i HIV-1-zaraženim limfociti može se otkriti kod majke mlijeko. Infekciju djeteta dodatno potiču upale i ozljede bradavica, kroz koje dolazi do zaraznog lučenja rane ili krv može pobjeći.
Ako neliječena HIV pozitivna majka doji, procjenjuje se da se 10% djece zarazi putem majčino mlijeko u prvoj godini života. U zemljama s dobrim higijenskim standardima (industrijalizirane zemlje), ove majke ne bi trebale dojiti, a bebe treba hraniti zamjenom mlijeko formula.
Situacija je drugačija u zemljama s lošim higijenskim standardima (zemlje u razvoju). Ovdje prevladavaju pozitivni aspekti dojenja, tako da WHO (Svijet Zdravlje Organizacija) preporučuje majkama da doje svoju djecu unatoč HIV infekciji. Antiretrovirusni terapija treba započeti već u 14. tjednu trudnoća i nastavilo se do kraja razdoblja dojenja. Ako je moguće, prvih šest mjeseci dijete treba dojiti isključivo. Rizik od postnatalnog prijenosa HIV-a na ovaj je način najmanji. Nakon toga započinje uvođenje komplementarne hrane i dojenje se nastavlja još najmanje 12 mjeseci. Prema studijama, stopa zaraze je najviša kod djelomičnog dojenja. Potpuni prestanak dojenja također je povezan s većim rizikom od infekcije kod djeteta od isključivog dojenja. To bi moglo biti zbog oligosaharida prisutnih u majčino mlijeko. Nadalje, HIV antitijela otkriveni su u kolostrumu (kolostrum).
